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Clostridioides difficileは、亜偏在性に芽胞を形成します。けん制した芽胞は、熱、放射線、乾燥、高圧処理、薬剤などに高い抵抗性を示します。芽胞内には、1コピーの染色体と必要最小限のメッセンジャーRNA(mRNA)と酵素が含まれており、発芽に備えています。芽胞には、周囲の環境変化に敏感に応答できるシステムがあり、胆汁酸やグリシンなどに反応して発芽を始めます。
特に、胆汁酸との関係は、CDIの病態を理解するうえでも重要で、芽胞が消化管に入り込み、発芽することが、病態形成の第一段階となります。
芽胞には、一般的な消毒であるエタノール、塩化ベンザルコニウムは無効で、次亜塩素酸ナトリウムやグルタルアルデヒド、過酢酸が有効です。器材などの消毒としては、オートクレーブ(121℃15分以上)、乾熱処理(180℃30分以上あるいは160℃1時間以上)のほか、γ線滅菌は効果があります。
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