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通常診療でのトキシンB遺伝子検査は、イムノクロマト法でGDH陽性トキシン陰性の確認検査として行われます。イムノクロマト法の偽陰性を確認することが可能であり、NAATを行うことによりトキシン産生C.difficileの検出感度・検出率が上昇します。しかしながら、NAATの結果を解釈するうえでは、定着患者での非CDI下痢症との鑑別にも配慮する必要があります。たとえば、発症率が高い一方、C.difficileの腸管への定着も多く、CDIと診断して治療を行う場合もその後の治療反応性を観察する必要があります。
アウトブレイク時は、初めからNAATを行うことにより、感染対策面での介入をより適切かつ迅速に行える可能性がありますが、今後のエビデンスの蓄積が必要です。
多くの施設ではまだNAATを利用できる環境にありませんが、ガイドラインでNAATの利用場面が整理され、また保険収載により徐々にその利用機会は広がるものと考えられます。しかしながら、NAATの最も重要な課題として、医療費に与える影響が不明であることが挙げられます。解析コストが安価でないNAATの費用対効果の検証も今後必要となります。
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