凝固カスケードと生理的凝固阻止因子

一方、実際の体内では、血管内皮細胞や単球などに物理的あるいは化学的な刺激が加わると、細胞表面に組織因子が発現し、微量のXa因子が産生され、次いで微量のトロンビン（IIa、初期トロンビン）が産生されます。初期トロンビンは近くの血小板や凝固因子を活性化し、活性化された血小板膜表面で活性化された内因系凝固因子（XI・IX・VIII）がテナーゼを形成します。次いで、これが同じ活性化血小板膜上でプロトロンビナーゼ複合体（Xa・Va・II）を形成し、トロンビンが大量に産生され（トロンビンバースト）、凝固反応が爆発的に進展します。これらの生体内の反応は、細胞性凝固反応と呼ばれています。
凝固因子を抑制する生体内の物質が生理的凝固阻止因子と呼ばれ
組織因子経路インヒビター（tissue factor pathway inhibitor:TFPI）、トロンボモジュリン、プロテインC、プロテインS、アンチトロンビンなどが知られています。各抗凝固薬は、これらの凝固カスケードの一部、あるいは複数個所を抑制することで抗凝固作用を発揮します。