選択的オートファジー

・アグリファジー：蛋白質凝集体
・マイトファジー：ミトコンドリア
・ぺキソファジー：ペルオキシソーム
・リポファジー：脂肪滴
・レテュキュロファジー：小胞体
・フェリチノファジー：フェリチン
・ゼノファジー：細菌

これらの各選択的オートファジーは、ストレスに応じた「各カーゴの標識」や「レセプター分子」により規定されます。「各カーゴの標識」とは、カーゴのユビキチン化（*）やレセプター分子のカーゴへの局在化を意味します。一方、「レセプター分子」は、カーゴとオートファゴソーム局在分子LC3ないしはGABARAPファミリー分子両方に結合する分子群を指します。現在までに、哺乳類レセプター蛋白質として10個以上が報告されています。

（*）数多くの生命現象を制御する蛋白質の翻訳後修飾。ユビキチンという目印となる蛋白質が結合する