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オートファゴソームは、コアAtg蛋白質から構成される6つの機能単位が協調的かつ連続的に作用することにより形成されます。栄養飢餓などの代謝ストレスに応じてmTORC1が不活化すると
1)ULK1キナーゼ複合体が活性化し、小胞体の近傍に移行します。その結果
2)ホスファチジルイノシトール(PI)3キナーゼ複合体によるPI3リン酸の産生が増加します。
3)産生されたPI3リン酸に、PI3リン酸結合蛋白であるWIPIとWIPI結合蛋白質であるAtg2がオートファゴソーム形成の場に蓄積します。
4)膜蛋白質であるAtg9Lはゴルジ体から形成される小胞に局在し、一過性に隔離膜に集積します。
5)Atg12は、Atg7・Atg10の酵素反応を介してAtg5と共有結合体を形成します。Atg12-Atg5共有結合体はAtg16Lと複合体を形成して隔離膜に局在します。
6)LC3は前駆体(proLC3)として生合成され、Atg4BによりC末端を切断されグリシンを露出した成熟型となります(LC3-I)。LC3-IはAtg7・Atg10の酵素反応を介してホスファチジルエタノールアミン(PE)と共有結合を形成します。Atg12-Atg5とAtg16Lからなる複合体がLC3のPE化の場所を規定します。
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