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DNAシーケンサーでは、解析対象のDNA配列に塩基の種類ごとに異なる蛍光物質を結合させ、蛍光の波長と強度により塩基を読み取ります。例えば、SBS(sequencing by synthesis)法として知られる次世代シーケンサーの塩基決定手法では、一度に数十万〜数億個のDNA断片の塩基配列を読み取ることができます。これらは、蛍光強度を示す数値として記録されます。一般的に生データ(raw data)と呼ばれるのはこの形式のデータです。
ここからDNA変異などの解析を行うためには、蛍光強度データをアデニン(adenine:A)、チミン(thymine:T)、グアニン(guanine:G)、シトシン(cytosine;C)のDNA配列データに変換しなければなりません。このような生データからDNA配列データへの変換プロセスをベースコール(basecall)と呼びます。一般的にベースコールされたデータはFASTQと呼ばれるテキスト形式で保存されます。ベースコールに使用するソフトウエアの多くはシーケンスメーカーから提供されます。
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