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インデックスとは、アダプターにより付加される6〜8塩基前後の固有の配列を有したオリゴDNAのことです。これらの配列を個々のサンプルに付加することで、どのサンプルが誰のものであるかの目印の役割を果たします。アダプターにはそれぞれ固有の配列(インデックス)が存在し、解析手法によってメーカー推奨のアダプター付加インデックスキットがあります。
リファレンス配列とは、シークエンス後の解析結果をマッピングし、比較するための規定配列のことです。染色体部位、塩基情報と位置情報を含んでいます。ヒトだけでも複数のリファレンス配列が存在し、それぞれexonの位置情報などが異なっているため、アノテーションデータベースがどのリファレンス配列に基づいて作成されているか、解析データと同じリファレンスかなど、あらかじめ確認したうえで、必要なリファレンス配列データを選択し使用します。
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