アンプリコンシークエンス法

アンプリコンシークエンス法は、ターゲットの遺伝子領域のDNA配列に即したプライマーを、サンプルDNAとPCR反応させることで目的の領域だけを増やし、アンプリコン（PCR産物）を作る手法です。がんゲノム、とりわけFFPE検体から抽出したDNAを使用する場合、低品質・低濃度であることが多くありますが、この手法は低濃度または断片化が進んだDNAを用いても、目的の領域を濃縮（エンリッチメント）することが比較的容易です。

しかしながら、FFPE検体由来のDNAであるために、断片化が著しいDNAの場合、反応する個所によっては非特異的にPCR反応が起き、本来は別の遺伝子領域であるのに、別の場所にマッピングされエラー1塩基多型（single nucleotido polymorphism:SNP）として検出されることがあります。また、コピー数多型（copy number variation:CNV）解析では、非腫瘍部位のDNAと腫瘍部位のDNAのリード数の差を基に比較解析を行いCNVを算出しますが、両者の検体品質が著しく異なると、増幅高率に差が生じ、正確な値が算出できません。たとえば、非腫瘍部位として新鮮な血液由来のDNA、腫瘍部位として5年前のFFPE検体由来のDNAを用いて比較解析しCNVを算出する場合などで、バイオインフォマティシャンによる検証と補正が必要になります。

※FFPE：ホルマリン固定パラフィン包埋（formalin fixed paraffin embedded:FFPE）

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