ctDNAの量と検査方法

ctDNAの検査方法は、次世代シーケンサー（NGS)に基づく方法とPCR法に基づく方法の2つに大別されます。NGSによるctDNA解析では多数の変異の他、コピー数変化、遺伝子融合など包括的な遺伝子異常のプロファイルが可能であり、がんの診断、治療根拠となる遺伝子異常の検出などスクリーニングに優れています。NGSの弱点としては、高額であること、PCRや誤読によるエラー率が高いことが挙げられます。

一方、既知の変異については変異検出用プローブを用いたPCR法に基づく高感度検査が行われています。肺癌診療ではリアルタイムPCR法を用いたコバスEGFR変異検出キット（ロシュ・ダイアグノスティックス社）、大腸癌診療ではBEAMing法を用いたOncoBEAMtmRAS CRCキット（シスメックス社）がctDNA検査として使用されています。これらの検査は疾患で変異頻度の高い遺伝子変異のみを対象とし、2021年8月現在は患者一人に付き1回と制限されています。デジタルPCRは0.01％の変異アリルの検出が可能であり、低コストで簡便であることから繰り返し検査による腫瘍量モニタリングに適しています。また患者特異的変異に対するプローブを作成することで、レア変異による個別の患者モニタリングも可能です。